一、本人开发环境：
jdk1.5.0_11 ， eclipse3.2 ， MyEclipse 5.5.1 ，Tomcat5.5(开发用) ，websphere 6.1(发布用)
操作系统是 windows XP
二、简单介绍：
MyEclipse 配置 Websphere6.1 的时候需要做比配置其它server更多的工作；
Websphere6.1 必须和 MyEclipse 安装在一个机器上；
Websphere6.1 必须使用 IBM 的jdk，位置在 <was-install-dir>/java；
只有 MyEclipse Enterprise J2EE project可以部署在 Websphere6.1 上
三、Websphere6.1 安装和配置
1、下载到 Websphere6.1.0.0 的安装版本。
2、在WAS文件夹里，点击install.exe安装文件， 开始安装。点击“下一步”后，选“我既接受IBM条款也接受非IBM条款”后，继续“下一步”，“下一步”，进入“安装样本应用程序”界面，打勾或不打勾随你，点击“下一步”后，选择好安装路径后，继续“下一步”，到达“启用管理安全性”界面，设置一个帐号，如用户名root和密码admin等，继续“下一步”，“下一步”，开始安装……直到完成，(建议修改操作系统里的服务里的IBM WebSphere 这个服务的自动启动状态为手动)。
3、在程序菜单入口找到“概要文件管理工具”，增加一个名为MyEclipse5.5.1的概要文件。具体步骤如下：进入“概要文件管理工具”界面，“下一步”，环境选“应用程序服务器”，“下一步”，选“高级******”，“下一步”，默认的2个打勾的不动，继续“下一步”，设置概要文件名为MyEclipse5.5.1和概要文件目录为e:\Java\WebSphere6.1\AppServer\profiles\MyEclipse5.5.1，这里2个打勾的自己看着办，继续“下一步”，节点名不变，主机名设置为127.0.0.1，“下一步”，到达“启用管理安全性”界面，设置一个帐号，如设置用户名root和密码admin，
进入端口设置界面，如非必要，不做变动，继续“下一步”，不选做为windows服务后，继续“下一步”，这里打勾与否自己看着办，继续“下一步”，点“创建”至完成。在“第一步”输出中，测试下安装验证等等后，停止服务，退出。
4、在程序菜单入口找到“IBM WebSphere”中的“Application Server V6.1”中的“概要文件”里的“MyEclipse5.5.1”里，启动服务器后，选“管理控制台”，在登陆页面输入用户名root和密码admin后，进入管理页面，点击“Servers”后再点“Application servers”后，点击服务器“server1”后，查看“Configuration”里的“Troubleshooting ”的“Logging and Tracing”，点击“JVM Logs”，在“Configuration”里General Properties 的System.out 和System.err 的“File Name”都修改为“console”，点击“OK”后在点击“Save”完成。推出管理控制台，停止该MyEclipse5.5.1服务器。
四、MyEclipse 5.5 中相关配置
1、配置 Window > Preferences > MyEclipse > Application Servers > WebSphere > WebSphere 6.1，“WebSphere server”选Enable，“WebSphere home directory:”为E:\Java\WebSphere6.1\AppServer，“Profile root directory:”为E:\Java\WebSphere6.1\AppServer\profiles\MyEclipse5.5.1，“Node name”与“MyEclipse5.5.1”中的节点保持一致，“Cell name”中的节点部分则与“Node name”保持一致，“Server name”不变，点击“Apply”。在JDK界面里，点“Add”，增加一个JRE name为websphere_java的JRE home directory为E:\Java\WebSphere6.1\AppServer\java的JVM后，点击“Apply”，再点“OK”完成配置。 (WebSphere is known to run on a heavily modified IBM JDK and running it with Sun's JDK, JRockit,
GCJ or other JDKs simply will not work)
2、创建 Web project 例如“ZJPBMIS”，再创建一个Enterprise Application Project ，Project Name为“ZJPBMIS_look”，选“Creation Tasks”为Add existing Web and EJB module projects，点“next”后，在ZJPBMIS项目上打勾，Finish。
3、开始部署。点击菜单条上的部署的快捷方式 Deploy MyEclipse J2EE Project to Server，Project选ZJPBMIS_look，点“Add”后，Server选“WebSphere6.1”后，Deploy type选“Packaged Archive”，Finish。
4、在MyEclipse中启动 Websphere6，等待出现“为电子商务开放服务器 server1”，即启动完成；
(wait for the Server server1 open for e-business message as before.)
5、在程序菜单入口找到“IBM WebSphere”中的“Application Server V6.1”中的“概要文件”里的“MyEclipse5.5.1”里，启动服务器后，选“管理控制台”，在登陆页面输入用户名root和密码admin后，进入管理页面，进入“Applications”中“Install New Application”界面，Local file system选E:\Java\WebSphere6.1\AppServer\profiles\MyEclipse5.5.1\installableApps\ZJPBMIS_look.ear，点击“Next”，在“Enable class reloading”前打勾的，点击“Next”，选中“ZJPBMIS.war”后，点击“Next”，选中“ZJPBMIS.war”后，点击“Next”，Finish。提示“应用程序 ZJPBMIS_look安装成功，点击“Save”，最后启动该应用程序。
6、在管理页面里，点击“Servers”后再点“Application servers”后，点击服务器“server1”后，在“Ports”中“WC_defaulthost ”对应的端口号为WEB应用的端口，比如为9081，则访问页面为：http://localhost:9081/ZJPBMIS/index.jsp，这样就可以实时调试，实时更新了。
7、删除以前部署的包，重新部署 ZJPBMIS，选择第一项“Exploded Archive”，下面选择“Delete remote
resource before deployment” 部署－完成。
至此，Websphere6.1的安装与配置已经完成。