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InnoDB和MyISAM是在使用MySQL最常用的两个表类型，各有优缺点，视具体应用而定。下面是已知的两者之间的差别，仅供参考。

innodb
InnoDB 给 MySQL 提供了具有事务(commit)、回滚(rollback)和崩溃修复能力(crash recovery capabilities)的事务安全(transaction-safe (ACID compliant))型表。InnoDB 提供了行锁(locking on row level)，提供与 Oracle 类型一致的不加锁读取(non-locking read in SELECTs)。这些特性均提高了多用户并发操作的性能表现。在InnoDB表中不需要扩大锁定(lock escalation)，因为 InnoDB 的列锁定(row level locks)适宜非常小的空间。InnoDB 是 MySQL 上第一个提供外键约束(FOREIGN KEY constraints)的表引擎。

InnoDB 的设计目标是处理大容量数据库系统，它的 CPU 利用率是其它基于磁盘的关系数据库引擎所不能比的。在技术上，InnoDB 是一套放在 MySQL 后台的完整数据库系统，InnoDB 在主内存中建立其专用的缓冲池用于高速缓冲数据和索引。 InnoDB 把数据和索引存放在表空间里，可能包含多个文件，这与其它的不一样，举例来说，在 MyISAM 中，表被存放在单独的文件中。InnoDB 表的大小只受限于操作系统的文件大小，一般为 2 GB。

在 http://www.innodb.com/ 上可以找到 InnoDB 最新的信息。InnoDB 手册的最新版本总是被放置在那里，并且在那里可以得到 InnoDB 的商业许可(order commercial licenses)以及支持。

InnoDB 现在(2001年十月)在一些大的需高性能的数据库站点上被使用。著名的 Internet 新闻站点 Slashdot.org 就是使用的 InnoDB。 Mytrix, Inc. 在 InnoDB 表上存储了超过 1 TB 的数据，而且另外的一个站点在 InnoDB 表上处理着平均每秒 800 次的插入/更新的负载。

MyISAM
MyISAM 是MySQL缺省存贮引擎 .

每张MyISAM 桌被存放在盘在三个文件 。frm 文件存放表格定义。 数据文件是MYD (MYData) 。 索引文件是MYI (MYIndex) 引伸。

以下是一些细节和具体实现的差别：

1.InnoDB不支持FULLTEXT类型的索引。
2.InnoDB 中不保存表的具体行数，也就是说，执行select count(*) from table时，InnoDB要扫描一遍整个表来计算有多少行，但是MyISAM只要简单的读出保存好的行数即可。注意的是，当count(*)语句包含 where条件时，两种表的操作是一样的。
3.对于AUTO_INCREMENT类型的字段，InnoDB中必须包含只有该字段的索引，但是在MyISAM表中，可以和其他字段一起建立联合索引。
4.DELETE FROM table时，InnoDB不会重新建立表，而是一行一行的删除。
5.LOAD TABLE FROM MASTER操作对InnoDB是不起作用的，解决方法是首先把InnoDB表改成MyISAM表，导入数据后再改成InnoDB表，但是对于使用的额外的InnoDB特性（例如外键）的表不适用。

另外，InnoDB表的行锁也不是绝对的，如果在执行一个SQL语句时MySQL不能确定要扫描的范围，InnoDB表同样会锁全表，例如update table set num=1 where name like “%aaa%”

任何一种表都不是万能的，只用恰当的针对业务类型来选择合适的表类型，才能最大的发挥MySQL的性能优势。