吴 三桂起兵后，即致书平南王尚可喜、靖南王耿精忠和在贵州、四川、湖北、陕西等地的亲朋故旧，煽动反清。此举在汉族将领中引起强烈的反应。各地汉族将领，或 为辽东军阀，与吴三桂一荣俱荣，一损俱损；或于清军进关后被迫降清，与满族权贵隔阂较深，对朝廷排挤压抑汉官心怀不满。他们纷纷响应吴三桂。一场大规模的 反清战争爆发了。
贵州四川 吴三桂反清后，首先派兵开赴贵州，贵州提督李本深在安顺起兵响应。云贵总督甘文焜见贵阳不可守，率数骑避走， 后受与吴三桂勾结的叛将逼迫，自刎于镇远吉祥寺。贵州巡抚曹申吉、黔西总兵官王永清先后降服吴三桂。次年正月，四川巡抚罗森、提督郑蛟麟、总兵官吴之茂、 谭宏起兵响应吴三桂。吴三桂未打一仗，就轻而易举地占领了西南云南、贵州、四川三省。
湖南湖北 吴三桂占领西南三省后，立即派大兵进攻湖 南。康熙帝得知吴三桂欲犯湖南，任命顺承郡王勒尔锦为宁南靖寇大将军，统帅八旗兵开赴湖南前线，抵挡吴军。八旗官兵自入关以后被清朝视为国家的根本，予以 种种优待，养尊处优，已失去当年的锐气。勒尔锦行动迟缓，三月才抵达荆州，他见吴三桂兵强气盛，不敢渡江争锋，屯兵江北，与吴军隔江相望。吴三桂招降纳 叛，有汉族将领为内应，只用了几个月的功夫，就占领了沅州、常德、宝庆、长沙、永州、衡州、岳州和湖北松滋地区。吴三桂亲到常德督战，令吴应麒在岳州浚濠 筑垒，又于澧州、长沙布重兵相为犄角，坚守湖南，同时兵分两路，一路东取江西，一路西出四川，经略湖北及陕甘地区。
福 建 靖南王耿精忠 接到吴三桂煽动反叛的书信后，即囚禁了福建总督范承漠，于康熙十三年（1674年）三月十五日，据福建反清。他攻陷福建延平、邵武、福宁、建宁、汀州诸 府，邀约吴三桂合兵攻打江西，唆使潮州总兵官刘进忠叛扰广东，又书招台湾郑经发兵攻取沿海郡县，以为声援。随后，他兵分三路，东路攻打浙江温州、台州、处 州；中路进犯浙江金华、衢州；西路侵扰江西广信、建昌。又遣兵进犯安徽，侵掠徽州、婺源、祁门，气势猖獗。
广 东 尚可喜虽然跋扈，但在 政治上并无异志。吴三桂叛乱之后，尚可喜逮捕了吴三桂的使者，将逆书呈奏朝廷，并上书表白效忠清朝。他担心长子尚之信招惹是非，请求朝廷允许以次子尚之孝 袭封。康熙十四年正月，朝廷晋封尚可喜为平南亲王，令尚之孝袭封，并任命尚之孝为平南大将军，尚之信为讨寇将军。
这时，广东局势十分危 急，吴三桂在广东招降纳叛，郑经又发兵助刘进忠入寇。尚之孝迎战失利，退驻惠州。十五年一月，尚可喜病重，二月，尚之信接受吴三桂招讨大将军伪号，遣心腹 封锁藩府，幽禁其父。又与郑经讲和，夺尚之孝兵权，使之闲居广州。十月，尚可喜忧愤而死。从此，尚之信毫无顾忌，更加为非作歹。
广 西 孔有德死后，其女孔四贞嫁孙延龄为妻。孙延龄因此得授广西将军，统辖孔有德所遗部众，驻镇桂林。孙延龄年纪轻，资历浅，不能服众，都统王永年等人曾联名弹 劾他。吴三桂叛乱后，康熙帝为安抚孙延龄，封之为抚蛮将军，命他固守广西。孙延龄痛恨王永年等人，趁西南出现变乱，于康熙十三年二月杀了王永年等人，监禁 广西巡抚马雄镇，起兵响应吴三桂。五月，他自称安远大将军，派兵攻掠广西各地。
陕 西 陕西提督王辅臣原为吴三桂藩下总兵官。康熙十三年 八月，王辅臣奉命率兵两千跟随大学士、兵部尚书莫洛自陕西向四川进军，征讨吴三桂。十二月，途经宁羌，王辅臣因受到莫洛凌辱，袭杀莫洛，还据平凉，并与吴 三桂通款。吴三桂大喜，急忙给王辅臣送去20万两犒师银，授其为平远大将军陕西东路总兵。
王辅臣叛变后，甘肃、陕西一片混乱。固原、定边、巩昌、临洮、兰州、同州、延绥等地守将先后附敌。
台 湾 郑成功死后，长子郑经继承延平郡王王位，行招讨大将军事。郑经奉永历年号，继续抗清。他重用陈永华，发展农业生产，解决了征台大军的粮食问题。派工匠 教当地居民取土烧瓦，起盖房屋，发展手工业。又利用台湾的有利地形，通海贸易，发展商业。他还建孔庙，立学校，考试青年学子，优秀者补六官内都事。这是台 湾有儒学教育和初级科举的开始。台湾在政治经济诸方面都有了较大发展。
郑经因台湾地处一隅，与清朝抗衡元异以卵击石，不敢大举进犯东南沿 海。清廷因大局初定，水师力量薄弱，也无法收复台湾。台湾这时实际上是处于地方割据状态。康熙十二年，三藩之乱爆发，郑经以为有机可趁，立即积极介人。他 与吴三桂、耿精忠取得联系，于康熙十三年三月亲率舟师抵达厦门。【转自铁血
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从康熙十二年十一月到康熙十三年底，在吴三桂倡乱以来一年多的时间里，反清战火迅速蔓延，云南、贵州、四川、广西、台湾的全部及福建、陕西、甘肃、湖南、湖北、江西、浙江的部分地区已先后脱离了清政府的控制。清政府处处被动，局面岌岌可危。
（四）平藩战争的胜利
三 藩叛乱之后，康熙帝立即派遣满洲诸王，统帅八旗禁旅前往镇压。勒尔锦南下之后，他又先后指派多罗贝勒尚善为安远靖寇大将军攻打岳州；安亲王岳乐为定远平寇 大将军攻打江西；简亲王喇布为扬威大将军镇守江南；多罗贝勒洞鄂为定西大将军，与莫洛合兵由陕西攻打四川；康亲王杰书为奉命大将军、贝子傅喇塔为宁海将 军，由浙江攻打福建。
与军事行动相配合，康熙帝还采取了一系列政治攻势，剿抚并用，分化瓦解三藩。他处决了吴三桂在京的子孙，对耿精忠在 京之弟则十分宽容，派耿聚忠与朝廷官员同赴福建招抚，并反复声明若耿精忠悔罪投诚，复其王爵，令其照旧镇守福建。朝廷还一再宣布原吴三桂属下官民，无论在 各省做官或闲住者，只要与叛乱无涉，虽父子兄弟在云南，概不株连。对立有战功的绿旗将领，康熙帝也分别予以赏赐，以联络感情，缓和朝廷上的满汉矛盾。
康 熙帝对军需问题也十分重视。当时有“三吴财富实甲海内”之说，吴三桂倡乱之后，康熙帝即对江南的防守做了周密的安排，并在政治上对江南地主采取灵活的政 策，如准许开销“奏销案”黜革的缙绅等等。结果，在平叛战争中，江南地区保持稳定，为清政府提供了有效的经济保障。后来，江宁巡抚曾说过，平叛战争军需取 给于江南不下3000余万。除此之外，康熙帝还裁减地方经费，加强财政管理；削减官俸，加征官绅田赋，鼓励官员和富民捐纳；改折漕白二粮，增收盐课；增收 关税和杂税，采取种种措施筹集经费，终于在旷日持久的战争中逐渐占据了上风。
吴三桂这时年纪已过60，多谋而不善断，无心进取。他横穿云 贵，轻取湖南之时，曾有谋士劝他乘势北渡长江，与清廷争夺天下，他却放回折尔肯，付疏至京，希冀索回子孙，与清廷划他讲和。直到康熙帝绞死吴应熊父子，吴 三桂才恍然大悟，叹曰：“上少年乃能是耶？事决矣。”王辅臣叛变后，叛军纵横五省，天下震动，可是，吴三桂仍然一心经略长江以南，企图与清廷划江为界，裂 土称王。正因为如此，康熙十三、十四年，吴三桂虽然在战场上处于主动，却未扩大战果。到了康熙十五年，这种情况开始发生变化。
陕甘战场 王辅臣为人有勇无谋，他叛变后，踞蹙于平凉一隅，未作进取发展。清政府从北京和湖厂调集兵力，先后收复了绥德、兰州、巩昌、延安、定边诸城，截断王辅臣与 四川叛军的联络通道。康熙十五年二月，康熙帝任命大学士图海为抚远大将军，负责西北战事。图海亲至平凉督战，指挥清军围攻平凉，并截断叛军饷道，使之坐困 孤城，陷入困境。六月，王辅臣粮尽计穷，不得已派人乞降。康熙帝下诏赦罪。清军乘胜收复固原、庆阳，西线大捷。
浙赣闽战场 康熙十四年， 郑经应耿精忠之约，协同对清作战，十月，出兵攻陷漳州，并乘胜袭取兴化、汀州。十二月，攻取温州。十五年，郑经又陆续收复了广东潮州府和惠州、广州二府的 一些州县，势力达于极盛。六月，他违约偷袭耿精忠的地盘，迫使耿军自江西前线撤军回防。清军乘势大举进攻，越过仙霞关，攻克建宁，抵达延平。耿精忠势蹙出 降，献出福州，随同清军一同攻打郑经，连克兴、泉、汀、漳四州。郑经势单力孤，于十六年初败走厦门。浙江、福建又为清军所有。
广东广西战 场 耿精忠降清后，孙延龄、尚之信深受震动。孙延龄因有清朝派人招抚，又有部将傅弘烈、妻子孔四贞规劝，决计降清，并于康熙十六年初，派傅弘烈赴江西迎接 清军。吴三桂侦知孙延龄动向，派从孙吴世琮领兵攻入桂林，杀死孙延龄父子，将孔四贞带到云南，并派部将留守桂林。不久，孙延龄旧部杀死吴军守将，投降了清 政府。
尚之信叛清原为争夺王位，他接受了吴三桂的封号，却不肯听从吴三桂调遣，也不派兵攻打清军。康熙十五年底，尚之信见清军在福建、广西进展顺利，心中不安。十二月，他派人携密疏至江西简亲王军前乞降。十六年三月，清军进入广东。广东平定。
湖 南战场 湖南是三藩之乱的中心战场。吴三桂占有湖南后，主力军一直坚守湖南，清军频频进攻，败多胜少，始终不能动摇吴三桂。康熙十五年三月，安亲王岳乐趁 吴三桂亲赴松滋指挥吴军援助王辅臣之机，攻下醴陵、萍乡，直逼长沙。吴三桂闻讯，急忙亲统大军自松滋回援。康熙帝命勒尔锦率荆岳大军渡江南下接应，勒尔锦 行动迟缓，更于途中遇上吴三桂回援大军，望风溃遁，奔回荆州。
从康熙十五年（1676年）秋季开始，全国形势发生了逆转。陕西王辅臣、福建耿精忠先后降清，吴三桂半年之内连失数省，陷于被动挨打的不利局面。但他凭借百战劲旅，仍然坚守岳州、长沙，屡屡挫败清军攻势。
康 熙十七年（1678年），吴三桂已67岁，起兵反清也有6年了。这时，他势单力孤，深感日暮途穷，遂决计称帝封臣，以鼓舞士气。三月初一，吴三桂在衡州称 帝，国号周，建元昭武，改衡州为定天府。置百官，大封诸将，僭造新历，举云、贵、川、湖乡试。八月十七日，吴三桂病死于军中。十月，吴世璠（吴应熊庶子） 迎丧还滇，即帝位，改元洪化。
吴三桂死后，康熙帝督促各路大军进剿，又遣吴三桂原下属赴各地军前招抚。吴世璠凭借吴三桂多年来在西南地区 蓄积的力量，与清军在湖南、贵州、四川等地相持数年，直到康熙二十年（1681年），清军才最后攻下吴氏老巢昆明，吴世璠自杀。清军进入昆明后，戮吴世璠 尸，传首京师。
吴氏灭亡之前，三藩当中的尚之信已于康熙十九年闰八月被清朝赐死于广州。耿精忠于清军攻克昆明后的第二年正月被凌迟处死。孙延龄之妻孔四贞被清军带回京师，默默无闻地了此一生。王辅臣则畏罪自杀。
至此，延续8年之久，战火波及十几个省区的三藩之乱被彻底平息了。年轻的康熙皇帝亲自指挥了这场战争，并最终取得胜利。这使他的政治声望大为提高，康熙帝的统治巩固了。