昨晚中刀了，系统不得不重装，好在Netbeans啊，MySQL, Tomcat之类的东西装在其他盘符，所以损失不大。
一早重灌系统后，试试Netbeans。Tomcat启动正常，MySQL倒是有点问题。
Services - Databases - Register MySQL database
因为MySQL安装目录什么都没有改变，所以MySQL Server Properties 安照
之前配置；
但是配置完毕后MySQL Server at localhost：3306 显示not connected。
想想大概是重装系统后，没有添加服务的关系，于是在系统里添加路径，
然后在Start- command -cmd Dos窗口里直接输入
mysqld-nt --install MySQL50 --defaults-file="I:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.0\my.ini" (MySQL安装在I:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.0\)
提示Service installed。但是运行service提示：
ERROR 2003: Can't connect to MySQL server on 'localhost' (10061)
开始考虑到是不是防火墙关系，关闭防火墙问题依旧，并发现同样使用localhost的Java DB运行ok，
想来不是localhost的问题，检查services 发现MySQL50的服务并没有运行，再看MySQL服务属性
Path to executable的设置上,mysqld-nt的位置被设置在C:\了，问题就在这里，原来服务装错了。
发现问题了，可是如何删除（修改）服务又成了新问题，在dos窗口想用mysql-nt -remove来删除服务，提示服务没有安装。
最后只能直接在注册表里修改的方法：
Start - command - regedit
\HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services、MySQL50
ImagePath 将错误的路径改成 "I:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.0\bin\mysqld-nt"--defaults-file="I:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.0\my.ini" MySQL50
完了，服务里启动MySQL50 服务，Netbeans里MySQL连接测试ok！
总结： 所谓的ERROR 2003: Can't connect to MySQL server on 'localhost' (10061) 估计应该是MySQL服务没有正常运行造成的，
所以只要重新正确启动MySQL服务，问题就迎刃而解了！