父窗口调用子窗口函数实现是挺简单的，如下：
var wnd = window.open("XXX.html");
wnd.showDatas(datas);
以上代码中，showDatas是定义在子窗口的函数，datas是父窗口要给子窗口的数据。
需要注意的事，使用open语句打开窗口后，窗口未必能把所有代码全部载入，因此showDatas函数未必调用有效。
如果要有效，可以先把数据传递给子窗口，再在子窗口中延时调用showDatas函数。
如此，父窗口中的代码如下：
var wnd = window.open("XXX.html");
wnd.datas=datas;// 传递数据给子窗口
子窗口中的代码如下：
setTimeout(showDatas(window.datas),1000);// 延时时间可进行调整。
如上，父窗口调用子窗口函数才算完美。
反过来，子窗口要调用父窗口的函数要用opener对象，如：
opener.showMessages(msgs);
以上代码中，showMessages是定义在父窗口的函数，msgs是子窗口要给父窗口的数据。
2012年5月9日增补：
父窗口未必需要传数据给子窗口，而是子窗口需要操作父窗口的某些区域如div时，可以在父窗口打开子窗口的函数前将这个div的id找个地方（隐藏区域）存起来，当然这个地方不需要显示，当子窗口需要操作这个div时，直接调用父窗口的js函数即可，这个函数可以先从隐藏区域中得到div的id，再根据这个id操作div。