1.用系统管理员登陆系统。 
2.停止MySQL的服务。 
3.进入命令窗口，然后进入MySQL的安装目录，比如我的安装目录是c:\mysql,进入C:\mysql\bin 
4.跳过权限检查启动MySQL， 
c:\mysql\bin>mysqld-nt --skip-grant-tables 
5.重新打开一个窗口，进入c:\mysql\bin目录，设置root的新密码 
c:\mysql\bin>mysqladmin -u root flush-privileges password "newpassword" 
c:\mysql\bin>mysqladmin -u root -p shutdown 
将newpassword替换为你要用的root的密码，第二个命令会提示你输入新密码，重复第一个命令输入的密码。 
6.停止MySQL Server，用正常模式启动Mysql 
7．你可以用新的密码链接到Mysql了。 

Unix&Linux： 
1.用root或者运行mysqld的用户登录系统； 
2．利用kill命令结束掉mysqld的进程； 
3．使用--skip-grant-tables参数启动MySQL Server 
shell>mysqld_safe --skip-grant-tables & 
4.为root@localhost设置新密码 
shell>mysqladmin -u root flush-privileges password "newpassword"
5．重启MySQL Server

转于：http://blog.csdn.net/ssll2826/archive/2005/10/12/502259.aspx