与.NET平台相比，Sun公司的标准定义的J2EE体系结构有很少可以讨论的空间，因为就没有什么可讨论的。如果一个人注意某个具体开发商的产品，如IBM公司的WebSphere，那么就会看到其技术的最大的一部分是WebSphere专用的。比较所有开发商对J2EE的具体改进，已经超出了本文的范围，在我的经验中，大多数对J2EE作为一个平台感兴趣的公司对该标准的可移值性感兴趣。任何对可移值性感兴趣的人都会需要将他们自己局限于Sun公司所定义的标准。
J2EE体系结构可以被分为5部分：
Java语言系统
客户端程序设计模型
中间层基础结构
程序员企业级API
非程序员可见API
最后一部分，非程序员可见API，包括定义了如何将其他产品插入到J2EE中的API，如连接器API，以及J2EE模型中被最近的改进有效替代的API，如JTA（Java Transaction API）。由于从比较微软和Sun公司计划的角度来说，非程序员可见API并不重要，因此在笔者的概述中将不涉及这些方面 (就如同笔者在.NET平台概述中并没有涉及功能相当的API一样)。
Java语言系统
在高层次上，Java语言系统看起来与.NET Framework类似。在这两种情况中，源代码都是被翻译成一种中间语言。但是，在.NET平台中，这种中间语言是MSIL，而在Java系统中，是Java Byte Code。在这两种情况中，中间语言被带入到运行环境中。在Framework中，运行环境是Common Language Runtime。对于Java，运行环境是Java虚拟机（Java Virtual Machine）。总体而言，Common Language Runtime和Java虚拟机有类似的功能，并且在技术进步方面，都无可置疑地在发展和彼此交互跃进。
这两种系统之间最重要的区别与源代码到中间语言的翻译有关。在.NET平台中，中间语言设计用来适应各种语言的需求。在Java中，中间语言设计用来满足Java的需求。虽然从理论上，从除Java外的语言生成Java Byte Code是可能的，但是实际上这还没有在任何一种商业产品中证明。
客户端程序设计模型
J2EE客户端程序设计模型重点集中在与浏览器的交互上。客户端程序设计模型有3部分：Java Applets，Java Servlets和Java Server Pages。
Java Applets用来对在浏览器内运行的Java代码进行打包。在.NET平台空间中，这在功能上与ActiveX相当。在笔者的经验中，applets或ActiveX组件使用的相对较少。电子商务体系结构一般都是以向表示层发出请求的浏览器为基础，然后表示层使用HTML页面进行响应。这种系统并没有使用ActiveX或Java Applets，因此笔者在本白皮书中并没有讨论这些技术的任何一种。
处理HTTP请求和HTML响应的重要技术是Java Servlets 和Java Server Pages 。这两种技术与微软空间中的ASP.NET（Active Server Pages）类似。
.NET平台与Java表示层中间的主要区别在于处理不同的客户端功能的方式。Java表示层沿用了以前的Microsoft ASP (pre .NET)模型，它使得表示层程序员的责任是决定最终的目的浏览器（或其他瘦客户端系统），瘦客户端系统的功能，以及如何生成HTML来充分发挥瘦客户端系统的优势。
中间层基础结构
对于J2EE，中间层基础结构是Enterprise Java Beans (EJB)。该规范的当前版本是2.0，可以从网上获得 。与J2EE相当的.NET平台是COM+。
在EJB和COM+之间，体系结构的差别非常少。这两种体系结构本质上是从MTS（Microsoft Transaction Server）派生出来的，是由微软公司在1996年引入的最初的面向组件的中间层基础结构。由MTS最先引入，然后合并到EJB和COM+中的重要想法包括：
通过组件示例的共享所实现的高可伸缩性
以中间层为中心的安全性
自动事务处理边界管理
EJB加入了一种新的体系结构想法，一项自动管理组件状态的技术。这项技术被称为entity beans（实体豆）。虽然这种想法具有吸引力，但是当前的实施却依赖于独立于数据库缓存的中间层数据缓存。很不幸的是，在这两种缓存之间没有保持一致性的机制。这意味着对实体豆的任何使用都会带来数据库损坏的高风险。在缓存一致性问题解决之前，在最佳试验技术方面，必须得不断考虑实体豆技术。
要连接EJB和COM+的深入比较，请参阅笔者最近的著作 。
程序员企业级API
我们调用Java Enterprise API 时的最重要部分如下：
Java Database Connection (JDBC，Java数据库连接) 2.0 ?C 是用于从Java中访问关系型数据库的API 。这与.NET平台空间中的ADO.NET相当。
Java Naming and Directory Interface (JNDI，Java命名与目录接口) ?C 是用于从Java中访问企业名称与目录服务的信息的API 。这与.NET平台空间中的Active Directory Services Interface (ADSI，活动目录服务接口)有点类似。
Java Message Service (JMS，Java消息服务) 1.0 ?C 是用于异步工作流的Java API 。这在功能上与Microsoft Message Queue API相当，这个API已经被排队组件所替代。