BioJava In Anger
快速指南
介绍：
BioJava 的设计涵盖了生物信息学的很多方面，本身就比较复杂和庞大，有时候甚至令人生畏。对于那些想快速了解并且利用这个强大的工具的生物信息学家们来说，有时候面对这一大堆的接口常常会头痛欲裂。本指南能够帮助你利用BioJava开发99％常用的程序，而不必为此掌握99％的BioJava接口。
本指南使用多数编程快速指南的格式，采用“我如何使用.....”的主题形式来帮助大家使用BioJava。每个主题都提供你可能会期望并经常使用的源代码。这些代码基本上可以直接在你的机器中编译运行。我尽量详细注释这些代码，让大家更容易理解程序中可能的一些晦涩代码。
“BioJava In Anger”由Mark Schreiber维护。任何建议和问题请联系biojava mailing list。点击这里订阅邮件列表。
本指南使用的例子经过BioJava1.3,
Java1.4测试。
本指南中文版由 Wu Xin(Center of
Bioinformatics,Peking University)翻译,任何翻译问题请通过邮件列表联系或者登录BBS。
我如何使用.......?
安装
> 安装Java
> 安装BioJava
成分表(alphabets)和标记(symbol)
>我如何得到DNA,RNA或蛋白质的成分表?
>我如何用自定义的标记建立自定义的成分表?
>我如何建立杂交产物成分表(cross product alphabet),例如密码字成分表(codon alphabet)?
>我如何从杂交产物成分表(cross product alphabet)中分解出他们的组成标记(component symbol)?
>我如何判别两个成分表或两个标记是否相同?
>我如何建立一个多义标记(ambiguous symbol),例如Y或R?
基本序列操作
>我如何从字串中创建一条序列对象以及将其写回一条字串?
>我如何从一条序列中得到子序列?
>我如何将DNA序列转录到RNA序列?
>我如何得到一条DNA或RNA序列的互补链?
>序列是不可变的(immutable),我如何改变它的名字?
>我如何编辑一条序列或者标记链(symbollist)?
翻译(translation)
>我如何将一条DNA或RNA或标记链翻译成蛋白质?
>我如何将单个密码子翻译成单个氨基酸?
>我如何使用一个非标准翻译表?
序列输入输出(sequence I/O)
>我如何将序列以FASTA格式输出?
>我如何读取FASTA格式的文件?
>我如何读取GenBank/EMBL/SwissProt格式的文件
>我如何从GenBank/EMBL/SwissProt格式中抽取序列并且以FASTA格式输出?
>我如何将ABI序列转化为BioJava序列?
注释(annotation)
>我如何将一条序列的注释列出来?
>我如何用物种这个参数(或其他注释属性)来筛选序列?
位置和特征(location and
feature)
>我如何指定一个点位置(point location)?
>我如何指定一个域位置(range
location)?
>我如何使用环状位置(circular location)?
>我如何建立一个特征(feature)?
>我如何以类型为参数筛选特征?
>我如何删除特征?
BLAST和FASTA
>我如何创建一个BLAST解析器?
>我如何创建一个FASTA解析器?
>我如何从解析结果中抽取信息?
计数和分布(count and
distribution)
>我如何计算序列中的残基数?
>我如何计算序列中某种标记(symbol)的频率?
>我如何将计数转为分布?
>我如何从一种分布中创建一条随机序列?
>我如何从一种分布中计算熵值?
>我如何能找到一种简单的方法来判断两种分布是否具有相同的权重?
>我如何对一个自定义的成分表创建一个N阶分布(order N distribution)?
>我如何将一种分布以XML格式输出?
权重矩阵和动态规划(weight matrix
and dynamic programming)
>我如何利用一个权重矩阵寻找模体?
>我如何创建一个隐马模型谱(profile HMM)?
>我如何建立一个自定义的隐马模型(HMM)?
用户界面(user interfaces)
>我如何将注释和特征以树状形式显示?
>我如何在GUI中显示一条序列?
>我如何显示序列标尺?
>我如何显示特征?
OBDA
>我如何设置BioSQL?
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