我装的是比较新的版本，6.0.5，网上搜到的教程多是针对4.x版本的，装6.0.5还是会碰上不少问题。
主要参考这个文档安装的。但因为yum安装更方便，所以尽量yum安装
mysql：
yum -y install mysql mysql-server
chkconfig mysqld on
service mysqld start
yum install开头是失败。提示GPG key" atomicrocketturtle.com一类的错误。把/etc/yum.repos.d/automic.repo 移到temp目录中，然后yum update，再安装就好了。
为了保险起见，安装jdk6，没有装jdk7.
yum search jdk|grep 1.6
然后安装 java-1.6.0-openjdk
tomcat6:
安装这些
tomcat6,tomcat6-lib,tomcat6-webapps,tomcat6-servlet,tomcat6-javadoc,tomcat6-docs-webapp,tomcat6-jsp,tomcat6-admin-webapps
然后chkconfig，service操作
安装时按照 https://confluence.atlassian.com/display/JIRA060/Using+the+JIRA+Configuration+Tool#UsingtheJIRAConfigurationTool-starting
因为没有图形界面，就借鉴帮助中的图形界面配置我们的命令行界面。
mysql进去
create user jira identified by 'jira';
grant all privileges on jiradb.* to jira@localhost identified by 'jira' with grant option;
flush privileges;
我认为mysql是3306的接口，反复试了几次，老是失败。
netstat|grep mysql
原来mysqld的接口不是3306。这样就成功了，难道3306已经被占用了吗，但是netstat|grep 3306没有找到。
通过“locate java”和ll可以得到java的home，
/usr/lib/jvm/java-1.6.0-openjdk-1.6.0.0.x86_64/jre
那就设这个为JAVA_HOME吧。