分子结构式相似度搜索使用的是fingerprint进行比较，而
fingerprint是一个二进制数据，CDK中使用BitSet来存储该信息，如果要每次比对都去生成BitSet，那也太耗时间了，所以我们需要存储
fingerprint信息到数据库中，比较的时候，直接读取，而MySQL不支持存储BitSet数据，网站找了一下，有人想到把
BitSet转换成Blob信息进行存储，然后取的时候再转换回来，不愧是个好的方法。下面来看看代码实现：
/*
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*/
package com.founder.mysql;
import java.sql.Blob;
import java.sql.Connection;
import java.sql.SQLException;
import java.util.BitSet;
public class MySQLUtil {
public static Blob bitsetToBlob(BitSet myBitSet, Connection con) throws SQLException {
byte[] byteArray = toByteArray(myBitSet);
Blob blob = con.createBlob();
blob.setBytes(1, byteArray);
return blob;
}
private static byte[] toByteArray(BitSet bits) {
byte[] bytes = new byte[bits.length()/8+1];
for (int i=0; i<bits.length(); i++) {
if (bits.get(i)) {
bytes[bytes.length-i/8-1] |= 1<<(i%8);
}
}
return bytes;
}
public static BitSet blobToBitSet(Blob blob) throws SQLException {
byte[] bytes = blob.getBytes(1, (int)blob.length());
BitSet bitSet = fromByteArray(bytes);
return bitSet;
}
private static BitSet fromByteArray(byte[] bytes) {
BitSet bits = new BitSet(1024);
for (int i=0; i<bytes.length*8; i++) {
if ((bytes[bytes.length-i/8-1]&(1<<(i%8))) > 0) {
bits.set(i);
}
}
return bits;
}
}
通过以上代码，我们就可以把fingerprint的值计算出来，然后存储到MySQL数据库中了。
进行相似度搜索的时候，值需要取出已经存储的值进行比对就可以了。
float coefficient = Tanimoto.calculate(query, MySQLUtil.blobToBitSet(results.getBlob("bits")));
笔者测试了187586条结构数据，大概需要12秒左右，基本满足一般需求。
posted on 2011-06-29 10:20
周锐 阅读(1683)
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