随笔 - 9, 文章 - 0, 评论 - 1, 引用 - 0
数据加载中……

PKU 3633 Copying DNA

http://acm.pku.edu.cn/JudgeOnline/problem?id=3633

搜索题. 状态不多, 可用记忆化搜索, 但是转移耗费巨大, 所以仍需剪枝. 最主要的一项剪枝就是每一位匹配时都要取最长的长度进行下一步搜索.

/**
 * 
@version 2009/08/26
 * 
@author sbzlyessit
 
*/

import java.io.*;
import java.util.*;

public class Main {

    
private static final int        MAX_N = 18;

    
private static BufferedReader   in =
            
new BufferedReader(new InputStreamReader(System.in));
    
private static char[]           s, t, sr;
    
private static int[]            matchs, matchsr;
    
private static int[]            hash = new int[1 << MAX_N];

    
public static void main(String[] argv) throws Exception {
        
for(int caseSize = Integer.parseInt(in.readLine()); caseSize > 0; caseSize--){
            
if (!readIn()) {
                System.out.println(
"impossible");
            } 
else {
                System.out.println(solve(
0));
            }
        }
    }

    
private static boolean readIn() throws Exception {
        String  S 
= in.readLine(), T = in.readLine();
        
int     i;
        
if ((!S.contains("A"&& T.contains("A")) || (!S.contains("C"&& T.contains("C")) ||
                (
!S.contains("G"&& T.contains("G")) || (!S.contains("T"&& T.contains("T"))) {
            
return false;
        }
        s 
= S.toCharArray();
        t 
= T.toCharArray();
        sr 
= new char[s.length];
        matchs 
= new int[t.length];
        matchsr 
= new int[t.length];
        Arrays.fill(hash, Integer.MAX_VALUE);
        hash[(
1 << t.length) - 1= 0;
        reverse(s, sr);
        
for (i = 0; i < t.length; i++) {
            matchs[i] 
= longestMatch(i, t.length, s);
            matchsr[i] 
= longestMatch(i, t.length, sr);
        }
        
return true;
    }

    
private static void reverse(char[] a, char[] ar) {
        
for (int i = 0; i < a.length; i++) {
            ar[i] 
= a[a.length - i - 1];
        }
    }

    
private static int longestMatch(int from, int to, char[] a) {
        
int i, len, max = 0;
        
for (i = 0, len = 0; i < a.length; i++, len = 0) {
            
while (len < to - from && i + len < a.length && a[i + len] == t[from + len]) {
                len
++;
            }
            max 
= Math.max(max, len);
        }
        
return max;
    }

    
private static int solve(int state) {
        
if (hash[state] != Integer.MAX_VALUE) {
            
return hash[state];
        }
        
char[] done = new char[t.length];
        
char[] doner = new char[t.length];
        
int i, m = 0, len, g;
        
for (i = 0; i < done.length; i++) {
            done[i] 
= (state & (1 << i)) != 0 ? t[i] : '0';
        }
        reverse(done, doner);
        
for(i = 0; i < t.length; i++) {
            
if ((state & (1 << i)) != 0) {
                m 
= 0;
                
continue;
            }
            len 
= 1;
            
while (i + len < t.length && (state & (1 << (i + len))) == 0) {
                len
++;
            }
            g 
= Math.min(len, Math.max(matchs[i], matchsr[i]));
            g 
= Math.max(g, longestMatch(i, i + len, done));
            g 
= Math.max(g, longestMatch(i, i + len, doner));
            
if(g > m - 1) {
                hash[state] 
= Math.min(hash[state], 1 + solve(state | ((1 << (i + g)) - (1 << i))));
            }
            m 
= g;
        }
        
return hash[state];
    }

}

posted on 2009-08-26 23:58 yessit 阅读(245) 评论(0)  编辑  收藏 所属分类: PKU


只有注册用户登录后才能发表评论。


网站导航: