完美的解决方法从辟谣开始：
1）JDOM是否生成UTF-8的文件与Format是否设置无关，只有输出其他字符编码才需要设置，见下面的注释。
2）JDOM输出UTF-8文件乱码的根本原因并非在JDOMAPI，而是在JDK。
具体描述：
JDOM的输出类XMLOutputter有两个output接口，除了都具有一个Document参数外，分别接受Writer和 OutputStream参数。
这给我们一个错觉，两个接口可以任意使用。
首先我们用output(doc,System.out)来做测试，此时得到乱码，
然后我们改为output(doc,new PrintWriter(System.out))来测试，输出不是乱码，
也就是说在控制台的时候一定要用一个Writer接口包装一下。
然后我们用output(doc,new FileWriter(path))来做测试，结果却得到乱码，
然后我们改为output(doc,new FileOutputStream(path))来测试，输出不是乱码，
也就是说在输出文件的时候一定要用一个OutputStream接口包装一下。
疯了吧？呵呵，很搞笑是吧。经过到JDOM的源码中调试，发现没有任何问题，问题出在了JDK里面。
JDK内的对应接口处理：
1）PrintWriter类有参数为OutputStream的构造方法，因此可以从System.out包装到PrintWriter
2）FileWriter类没有参数为OutputStream的构造方法，因此不能从FileOutputStream包装到 FileWriter
3）如果PrintWriter类用了参数为Writer的构造方法（Writer实现为FileWriter），最后输出也是乱码
4）如果用一个FileOutputStream来包装一个控制台输出，也是乱码
因此，对于JDK内的各种输出体系，各种InputStream、OutputStream、reader和writer要充分认识，否则极容易出现一些意想不到的问题。