prototype.js中用了大量的apply和call函数，不注意会造成理解偏差。
官方解释：应用某一对象的一个方法，用另一个对象替换当前对象。
apply与call的区别是第二个参数不同。apply是  数组或者arguments 对象。而call是逗号隔开的任何类型。

apply,call方法最让人混淆的地方也是apply,call的特色。但最好不要滥用。
能改变调用函数的对象。如下例，函数中用到this关键字，这时候this代表的是apply,call函数的第一个参数。

<script src="prototype1.3.1.js"></script>
<input type="text" id="myText"  value="input text">
<script>
   function Obj(){
       this.value="对象！";
   }
   var value="global 变量";
   function Fun1(){
       alert(this.value);
   }
   window.Fun1();
   Fun1.apply(window);
   Fun1.apply($('myText'));
   Fun1.apply(new Obj());
</script>

2、关于闭包
prototype.js在Class.create,bind等中用到javascript的闭包特色。但整体上prototype.js对于强大的闭包特性用的不多。大家可以参阅我翻译的篇文章了解闭包。
3、让我比较反感的两个方法
（1）
var Class = {
  create: function() {
    return function() {
      this.initialize.apply(this, arguments);
    }
  }
}
很讨厌用别的语言的风格来写javascript。用这个方法构造自定义类  并没有觉得有多方便，减少代码行数，只会让人难理解，多定义一个initialize方法。
其实讨厌这条有些牵强，不过修改Object的原型对象就有点过分了。
（2）Object.prototype.extend
  先不过你取个extend的名字会让熟悉java的人引起的歧义。修改Object的prototype就说不过去了。不知道作者是怎么考虑的。当你for in循环对象是，麻烦就来了。可能有人会问你for in干吗。 我一个项目中既用了DWR,也用了prototype.js，dwr返回的javascript对象都多了个exetend属性，还得特殊处理。
  以前我比较过dojo和prototype.js中继承的实现，现在我明白个道理。对于javascript这种没有静态类型检查，语法宽松的语言来讲，如果你选择了某个js类库，那你也必须适应作者写javascript的风格。prototype.js的作者对extend的使用炉火纯青，如果我们不当它只是个属性拷贝的函数的话，多读读prototype.js的代码是好的。
4、关于函数的绑定
  类库提供了Function.prototype.bind  Function.prototype.bindAsEventListener两个方法。首先我们从概念上解释一个这两个方法。
任何一个函数都可以调用这两个方法；参数的是javascript对象或网页上元素对象；返回类型是个函数对象。
本来我就是个函数，返回还是函数，到这两个函数有什么不同呢。看实现代码，关键还是apply\call函数的代码。其实这里只是转化了一下方法调用的对象。

<script src="prototype1.3.1.js"></script>
<input type=checkbox id=myChk name="asf" value=1> Test
<script>
    var CheckboxWatcher = Class.create();
    CheckboxWatcher.prototype = {
       initialize: function(chkBox, message) {
            this.chkBox = $(chkBox);
            this.message = message;
            this.chkBox.onclick = this.showMessage.bindAsEventListener(this);
       },
       showMessage: function(evt) {
          alert(this.message + ' (' + evt.type + ')');
       }
    };
new CheckboxWatcher('myChk','message!!!!');
//$('myChk').onclick=function(){};
</script>
这是 https://compdoc2cn.dev.java.net/ 上举的例子，个人感觉没什么意思，反而让我对bind,bindAsEventListener有些反感。（javascript就是这样，明明大家都知道的语法，但写出来的代码差别确很大）
看下面代码：

<script src="prototype1.3.1.js"></script>
<input type=checkbox id=myChk name="chk" value=1> Test
<script>
function Class(){
    this.name="class";
}
Class.prototype.getName=function(){
    alert(this.name);
}
var obj=new Class();
//$('myChk').onclick=obj.getName;
$('myChk').onclick=obj.getName.bind(obj);
//$('myChk').onclick=obj.getName.bind($('myChk'));
</script>

从上面代码可以看出bind/bindAsEventListener只是包装了一下apply/call方法，改变方法的调用对象。如例子，你可以把obj.getName方法转化成任何对象调用，并且把方法让表单元素触发。（bind和bindAsEventListener之间只是返回函数的参数不同）
这两个方法也可以用在对象之间的方法重用，实现类似继承方法的概念。看以下代码，其实是比较无聊的。

<script src="prototype1.3.1.js"></script>
<script>
function Class1(name){
    this.name=name;
}
Class1.prototype.getName=function(){
    alert(this.name);
}
function Class2(name){
    this.name=name;
　　this.getName=Class1.prototype.getName.bind(this);
}
var obj1=new Class2("yql");
obj1.getName();
var obj2=new Object();
obj2.name="zkj";
obj2.fun=Class1.prototype.getName.bind(obj2);
obj2.fun();
</script>

我从来没读过prototype.js的扩展项目代码，也不知道bind..的最佳实践，一起挖掘吧。但你绝对不要把bind/bindAsEventListener从绑定的词义上来理解，可能会让你更加迷惑。从apply/call理解本质。应用某一对象的一个方法，用另一个对象替换当前对象。

5、关于事件的注册

<script src="prototype1.3.1.js"></script>
<input type=checkbox id=myChk name="chk" value=1> Test
<script>
Event.observe(myChk, 'click', showMessage, false);
//$('myChk').onclick=showMessage;
//$('myChk').onclick=showMessage.bind();
$('myChk').onclick=showMessage.bind($('myChk'));
function showMessage() {
      alert(this.value);
}
</script>

执行上面代码，你就能明白Event.observe与bind/bindAsEventListener之间的区别：
（１） 显然Event.observe有限制，只能处理简单的函数，并函数中不能有this之类的东西。
（２）Event.observe内部用到addEventListener／attachEvent。能把多个函数加到一个触发事件（window.onload）。bind是覆盖。

6、关于事件监听最佳实践
很显然prototype.js提供的事件注册方法不是很完善。那看看dojo的时间注册吧（中文版），更加复杂，估计很多人像我一样，对于dojo暂时持观望态度。
如果你看过的前篇关于闭包的介绍，可能见过以下代码。
看以下代码前我想表述一个观点，任何网页中元素，浏览器都会为你创建一个对象（见）。（我觉得）这些对象与你建立javascript对象区别是它们有事件监听，会响应鼠标键盘的事件。如果你用了以下代码，那么把事件监听代码很好的转化到你的javascript代码中。

function associateObjWithEvent(obj, methodName){
    return (function(e){
        e = e||window.event;
        return obj[methodName](e, this);
    });
}
function DhtmlObject(elementId){
    var el = getElementWithId(elementId);
    if(el){
        el.onclick = associateObjWithEvent(this, "doOnClick");
        el.onmouseover = associateObjWithEvent(this, "doMouseOver");
        el.onmouseout = associateObjWithEvent(this, "doMouseOut");
    }
}
DhtmlObject.prototype.doOnClick = function(event, element){
    ... // doOnClick method body.
}
DhtmlObject.prototype.doMouseOver = function(event, element){
    ... // doMouseOver method body.
}
DhtmlObject.prototype.doMouseOut = function(event, element){
    ... // doMouseOut method body.
}