企业之所以使用工作流管理系统的目的，不外乎有三个：一是作为企业应用系统集成（EAI）的平台。二是协助涉及多人相关任务工作流软件的开发。三是将工作流引擎嵌入到其他应用中。实际上当前国内大部分知名工作流是以这些作为功能的核心，代表产品如工作流开发软件intelliFlow、myApps（天翎）、AquaLogic以及工作流应用软件BizFocus-Design、SynchroFLOW等等。

在当今大部分企业IT架构中，企业内网中运行着各种各样的结构应用和数据库。在这些系统被应用到组织时，都有一个清晰的目标。例如，客户管理、财务管理、物料管理、仓库管理、生产管理等等等。这些系统即为专门应用。当企业为某种目的而结合所有的专门应用时，就可以使用工作流系统构建一个EAI平台。这是第一个目的。
    当企业（如系统开发商）在开发维护产品时会涉及到很多相关任务流程，为了协助涉及多人相关任务工作流软件的开发，企业一般都要用上工作流系统管理，而大部分工作流系统都有一个方便的机制，来生成执行任务的表单。另外对于专注于ISO 或者CMM认证的组织，采用这种方式使用工作流系统能够显著提高生产率。不用将过程用文字的形式写在纸上，工作流系统使你通过流程定义建模实现过程的自动化，这工作流系统第二个目的：
    一个公司的内部系统运行往往牵涉多多种的专门应用软件，为了整合这些应用软件，企业可以将工作流引擎嵌入到其他应用中。当然开发专门应用的公司也可以将工作流引擎嵌入到他们的软件中。在这里，工作流引擎只是作为一个软件组件，对于应用的最终用户是不可见的。将工作流引擎嵌入到应用中的主要原因是为了应用软件的可维护性及整合性。