1、FAT32：它是FAT16的增强版本，可以支持大到2TB(2048G)的分区。FAT32使用的簇比FAT16小，从而有效地节约了硬盘空间。从Windows 98开始，FAT32开始流行。
2、NTFS：微软Windows
NT内核的系列操作系统支持的、一个特别为网络和磁盘配额、文件加密等管理安全特性设计的磁盘格式。随着以NT为内核的Windows
2000/XP的普及，很多个人用户开始用到了NTFS。NTFS也是以簇为单位来存储数据文件，但NTFS中簇的大小并不依赖于磁盘或分区的大小。簇尺
寸的缩小不但降低了磁盘空间的浪费，还减少了产生磁盘碎片的可能。NTFS支持文件加密管理功能，可为用户提供更高层次的安全保证。
3、NTFS文件系统支持的操作系统
FAT32 ： windows 95/98/me/2000/xp
NTFS ： windows nt/2000/xp
4、使用建议
NTFS文件系统格式，它能更充分有效地利用磁盘空间、支持文件级压缩、具备更好的文件安全性。如果你只安装Windows 2000/XP，建议选择NTFS文件系统。
如果是98或多重引导系统，则系统盘(C盘)选出FAT32或FAT16，否则不支持。当然，其他分区的文件系统可以为FAT32或NTFS。
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NTFS 比 FAT 或 FAT32 的功能更强大，同时它还包括提供 Active Directory所需的功能以及其它重要安全性功能。只有通过选择 NTFS 作为文件系统才能使用诸如 Active Directory 和基于域的安全性等功能。
将分区转换为 NTFS 很容易。使用安装程序进行转换很容易，不论您使用的是 FAT 还是 FAT32 或更低版本的
NTFS。这种转换可以保持您的文件不发生变化（与格式化分区不同）。如果不需要使文件保持原样，且已拥有 FAT 或 FAT32 分区，则建议使用
NTFS 来格式化分区而不是从 FAT 或 FAT32 进行转换。格式化分区会删除分区上的所有数据，使您能够从一个空驱动器开始进行操作。
要维护文件和文件夹访问控制并支持有限个帐户，必须使用 NTFS。如果使用 FAT32，所有用户都将具有访问权，以访问您的硬盘驱动器上的所有文件，而不考虑其帐户类型（管理员、有限制的或标准的）。
NTFS 是一种最适合处理大磁盘的文件系统。（下一个性能仅次于 NTFS 并适于处理大磁盘的文件系统是 FAT32。）