1、增值税专用发票的开具
增值税专用发票的开具是通过增值税开票系统进行的。纳税单位经过税务机关的认证，取得了增值税
一般纳税人资格后，就可以安装增值税防伪开票系统。防伪开票系统由金税卡、系统
软件、IC卡及读卡器、实物发票、打印机组成。
系统安装完必后，第一步是到税务机关购买增值税发票，此时要带上IC卡，税务机关出售发票后会将发票的电子信息读到IC卡上，如发票号、版本、开票限额等，这些信息与同时购买的纸质发票一致。
购买发票后，回到
企业，将IC卡插入本单位开票系统读卡器，此时，发票的电子信息将被读入开票系统。
有了发票之后，就可以开具发票了，此时要注意，系统开具的发票是顺号的，在打印实物发票之前必须将系统开具发票的号码与从税务机关购得的实物发票号码核对一致。
发票打印出以后，加具开票单位的发票专用章，就可以将发票送给购货单位了。如果发票有错，则需要作废，此时在作废实物发票的同时，也要作废系统发票。
有时可能由于销货退回、折扣与折让等原因，需要开具经字发票，开票系统提供了这一功能，这时只要输入原蓝字发票，就可以开具对应的红字发票。但需要注意的是，开具之前一定要取得购货单位到税务局办理的销售退回或折扣与折让证明单。
2、增值税进项发票的认证。
增值税进项发票的认证在税务机关的认证系统进行。纳税人在取得增值税进项发票以后，就可以到税务机关大厅进行增值税发票的认证，认证的目的是确认增值税发票的真假，只有通过认证的发票才能抵扣。认证的过程很简单，只需要将发票准备好，
拿到国税申报大厅，由税务工作人员将发票信息扫入系统，由系统自动进行比对，就可以确认发票的真假。对于开展了网上认证的地区，纳税人可以在自己单位将发票通过扫描仪扫入，将数据文件传给税务机关就可以完成认证。
增值税发票认证的期限为从开票之日起三个月，目前当月认证的发票必须在当月抵扣。
3、抄报税。
抄报税指的是将防伪开票系统开具发票的信息报送税务机关。这个过程分为两步，第一步是到月底，在开票系统进行抄税处理，将本月开具增值税专用发票的信息读入IC卡（抄税完成后本月不允许再开具发票），第二步就是将IC卡拿到税务机关，由税务人员将IC卡的信息读入税务机关的金税系统，整个过程就完成了。
经过抄税，税务机关确保了所有开具的销项发票到进入到了金税系统，经过报税，税务机关确保了所有抵扣的进项发票都进入了金税系统，就可以在系统内由系统进行自动进行比对，确保仍何一张抵扣的进项发票都有销项发票与其对应。
4、纳税申报
完成了本月核算工作，抄报税完成后，企业就可以进行本月增值税的纳税申报。一般情况下销项税额与进项税额的差额就是本月应纳税额.其中销项税额根据本月销售收入与适应税率计算出，这个数字应当大于等于本月抄税中的销项税额，这是因为还可能存在未开票的销售收入，如果小于，纳税申报就会有问题。进项税额不得大于本月认证的进项税额（当然如果有农产品收购、运输发票抵扣的除外）。
5、税款缴纳
增值税申报之后，税务机关会开具税款缴纳的单据，纳税单位就可以直接将这些单据送到自己开户银行，由银行进行转账处理。当然也可以到税务机关指定银行进行现金缴纳。