目录树可以分为小的部分，每个部分可以在自己的磁盘或分区上。主要部分是根、/usr 、/var 和 /home 文件系统。每个部分有不同的目的。
主要目录
/bin
/sbin
/etc
/root
/lib
/dev
/tmp
/boot
/mnt
/proc
/usr
/var
/home
/dev
每台机器都有根文件系统，它包含系统引导和使其他文件系统得以mount所必要的文件，根文件系统应该有单用户状态所必须的足够的内容。还应该包括修复损坏系统、恢复备份等的工具。
/usr 文件系统包含所有命令、库、man页和其他一般操作中所需的不改变的文件。 /usr 不应该有一般使用中要修改的文件。这样允许此文件系统中的文件通过网络共享，这样可以更有效，因为这样节省了磁盘空间(/usr 很容易是数百兆)，且易于管理(当升级应用时，只有主/usr 需要改变，而无须改变每台机器) 即使此文件系统在本地盘上，也可以只读mount，以减少系统崩溃时文件系统的损坏。
/var 文件系统包含会改变的文件，比如spool目录(mail、news、打印机等用的)， log文件、formatted manual pages和暂存文件。传统上/var 的所有东西曾在 /usr 下的某个地方，但这样/usr 就不可能只读安装了。
/home 文件系统包含用户家目录，即系统上的所有实际数据。一个大的/home 可能要分为若干文件系统，需要在/home 下加一级名字，如/home/students 、/home/staff 等。
虽然上面将不同的部分称为文件系统，但它们不必是真的分离的文件系统。如果系统是小的单用户系统，而用户希望简单化，可以很容易地放在一个文件系统中。根据磁盘容量和不同目的所需分配的空间，目录树也可以分到不同的文件系统中。重要的是使用标准的名字，即使/var 和/usr 在同一分区上，名字/usr/lib/libc.a 和/var/adm/messages 必须能工作，例如将/var 下的文件移动到/usr/var ，并将/var 作为/usr/var 的符号连接。
Unix文件结构根据目的来分组文件，即所有的命令在一个地方，所有的数据在另一个地方，所有的文档又在一个地方，等等。另一个方法是根据属于的程序分组文件，即所有Emacs文件在一个目录中，所有TeX文件在另一个中，等等。后一种方法的问题是文件难于共享(程序目录经常同时包含静态可共享的和动态不可共享的文件)，有时难于查找 (例如man页在极大数量的地方，使man程序查找它们极其困难)。
“/”根目录系统
根文件系统一般应该比较小，因为包括严格的文件和一个小的不经常改变的文件系统不容易损坏。损坏的根文件系统一般意味着除非用特定的方法(例如从软盘)系统无法引导。
根目录一般不含任何文件，除了可能的标准的系统引导映象，通常叫/vmlinuz 。所有其他文件在根文件系统的子目录中。
/bin ,引导启动所需的命令或普通用户可能用的命令(可能在引导启动后)。
/sbin ,类似/bin ，但不给普通用户使用，虽然如果必要且允许时可以使用。
/etc ,特定机器的配置文件。
/root ,root用户的家目录。
/lib .根文件系统上的程序所需的共享库。
/lib/modules 核心可加载模块，特别是那些恢复损坏系统时引导所需的(例如网络和文件系统驱动)。
/dev 设备文件。
/tmp 临时文件。引导启动后运行的程序应该使用/var/tmp ，而不是/tmp ，因为前者可能在一个拥有更多空间的磁盘上。
/boot 引导加载器(bootstrap loader)使用的文件，如LILO。核心映象也经常在这里，而不是在根目录。如果有许多核心映象，这个目录可能变得很大，这时可能使用单独的文件系统更好。另一个理由是要确保核心映象必须在IDE硬盘的前1024柱面内。
/mnt 系统管理员临时mount的安装点。程序并不自动支持安装到/mnt 。 /mnt 可以分为子目录(例如/mnt/dosa 可能是使用MSDOS文件系统的软驱，而/mnt/exta 可能是使用ext2文件系统的软驱)。
/proc , /usr , /var , /home 其他文件系统的安装点。
/etc目录系统
/etc 目录包含很多文件。许多网络配置文件也在/etc 中。
/etc/rc or /etc/rc.d or /etc/rc*.d 启动、或改变运行级时运行的scripts或scripts的目录。
/etc/passwd 用户数据库，其中的域给出了用户名、真实姓名、家目录、加密的口令和用户的其他信息。
/etc/fdprm 软盘参数表。说明不同的软盘格式。用setfdprm 设置。
/etc/fstab 启动时mount -a命令(在/etc/rc 或等效的启动文件中)自动mount的文件系统列表。 Linux下，也包括用swapon -a启用的swap区的信息。
/etc/group 类似/etc/passwd ，但说明的不是用户而是组。
/etc/inittab init 的配置文件。
/etc/issue getty 在登录提示符前的输出信息。通常包括系统的一段短说明或欢迎信息。内容由系统管理员确定。
/etc/magic file 的配置文件。包含不同文件格式的说明，file 基于它猜测文件类型。
/etc/motd Message Of The Day，成功登录后自动输出。内容由系统管理员确定。经常用于通告信息，如计划关机时间的警告。
/etc/mtab 当前安装的文件系统列表。由scripts初始化，并由mount 命令自动更新。需要一个当前安装的文件系统的列表时使用，例如df 命令。
/etc/shadow 在安装了影子口令软件的系统上的影子口令文件。影子口令文件将/etc/passwd 文件中的加密口令移动到/etc/shadow 中，而后者只对root可读。这使破译口令更困难。
/etc/login.defs login 命令的配置文件。
/etc/printcap 类似/etc/termcap ，但针对打印机。语法不同。
/etc/profile , /etc/csh.login , /etc/csh.cshrc 登录或启动时Bourne或C shells执行的文件。这允许系统管理员为所有用户建立全局缺省环境。
/etc/securetty 确认安全终端，即哪个终端允许root登录。一般只列出虚拟控制台，这样就不可能(至少很困难)通过modem或网络闯入系统并得到超级用户特权。
/etc/shells 列出可信任的shell。chsh 命令允许用户在本文件指定范围内改变登录shell。提供一台机器FTP服务的服务进程ftpd 检查用户shell是否列在 /etc/shells 文件中，如果不是将不允许该用户登录。
/etc/termcap 终端性能数据库。说明不同的终端用什么"转义序列"控制。写程序时不直接输出转义序列(这样只能工作于特定品牌的终端)，而是从/etc/termcap 中查找要做的工作的正确序列。这样，多数的程序可以在多数终端上运行。
/dev目录 /dev 目录包括所有设备的设备文件。设备文件用特定的约定命名。