以前没碰到过这种问题，在eclipse下只转过Tomcat，没超时过。
后来奔向了netbeans。据我所知netbeans没有server超时设定，时间太长的话项目build会失败但server总是能起来。这样再build项目的话运行是没问题的。
如今项目要用eclipse转JBoss，于是遇到了timeout：
'Starting SERVER_NAME' has encountered a problem.
Server SERVER_NAME was unable to start within 50 seconds. If the server requires more time, try increasing the timeout in the server editor.
找了半天没找到server editor...
当时不能上网，就一个个文件点开排查。
最后找到了修改方法：
编辑servers.xml（your_workspace/.metadata/.plugins/org.eclipse.wst.server.core/servers.xml），搜索"start-timeout"，把值改大，比如start-timeout="50000"。当然，需要重启eclipse。
PS:刚才搜索到了
另一个方法，明天再试试:
Double-click the server in the Servers view to open the
server editor. Then expand the Timeouts section on the right side of
the editor.