在 < 3.23.50 版本的 InnoDB 中，不可以使用 ALTER TABLE 或 CREATE INDEX 来修改一个已经有了外键约束或参考了外键约束的表。使用 DROP TABLE 和 CREATE TABLE 来代替它。
不可以将 MySQL 系统表(如 'user' 或 'host' )转换成 InnoDB 类型。系统表必须总是为 MyISAM 类型的。
InnoDB 表不支持全文搜索(fulltext search)。
MySQL 以自动提交模式(autocommit mode)执行复制(replication)。因此slave中的 consistent reads 可能看起来你部分处理过的事务，所以在 slave 中这种读取(read)并不是真正的 consistent 。这个限制在 3.23.52 不再存在。
InnoDB 在内部不保存一个表记录总数，这是由于 multiversioning 的原因使它实现有点复杂。
为了响应一个查询 SELECT COUNT(*) FROM T ，InnoDB 不得不扫描表的一个索引，如果表没有完全在缓冲池中这将花费一些时间。 为了得到更快的计数你不得不使用自己创建一个计数表，让你的应用程序在插入与删除时自己更新它。 消除因锁等待引起的瓶颈的一个方法就是创建整体的计数器集。应用程序可以随机地每次选择一个。 为了得到计数，仅仅只要对计数器求和：SELECT SUM(counter_column) FROM your_counter_table。
表中有 auto-increment 列的必须为它定义一个键，这个键必须仅仅包含这个 auto-increment 列。InnoDB 不支持在一个 CREATE TABLE 语句中使用 AUTO_INCREMENT=... 。这个子句是为了给一个 auto-increment 列设置第一个值(默认的第一个值为 1)。工作区(Workaround)：向自增列中插入一个指定的值做为第一个值。从此，InnoDB 将从这值开始增加。
SHOW TABLE STATUS 不能给出 InnoDB 表的精密统计数据，除了由表保留的物理大小之外。记录行数只能通过一个优化的 SQL 来获得大致的估计。
在 MySQL 中复制(replication)中，load table from master 仍然不能在 InnoDB 表中工作。 在主(master)服务器中开设一个工作区(workaround )用于将表转换成 MyISAM 型，然后再进行 load，之后再在 master 中将表改回 InnoDB 类型。
如果以一个列的前面部分建立索引：
CREATE TABLE T (A CHAR(20), B INT, INDEX T_IND (A(5))) TYPE = InnoDB;
InnoDB 将内在的在整个列上建立一个索引，而不是仅以设定的首部分。
InnoDB 表不支持 INSERT DELAYED 。
MySQL 的 LOCK TABLES 操作无法知道一个 SQL 语句已完成对 InnoDB 的行锁定：这就意味着即使已有其它用户的事务在同一张表上设置了行锁，你仍然会锁定该表。 所以你在这张表上的操作与其它用户的锁定冲突则不得不等待。同样死锁也是可能的。无论如何， 这能事务完整性(transaction integrity)并不危险，因为 InnoDB 设置的行级锁定通常会照顾完整性(integrity)的。同样，一个表级锁定可以防止其它事务在表上获得更多的行级锁定(锁定模式不一致)。
在 BLOB 或 TEXT 字段上无法设置索引。
一张表不可以有超过 1000 个字段。
DELETE FROM TABLE 除了删除所有记录行之外不再重建表，一个接一个地删除，这并不那么快。在将来的 MySQL 版本中可以使用 TRUNCATE ，这是相当快的。
在 <= 3.23.43 的 InnoDB 中，在对 InnoDB 表调用 DROP DATABASE 之前，必须调用 DROP TABLE 来移除(drop) 个体的 InnoDB 表。这个限制在 >= 3.23.44 的版本中不再存在。
InnoDB 默认的数据库页面大小为 16 kB。通过重新编译源代码可以设置为 8 kB 到 64 kB。你必须在 univ.i 中更新 UNIV_PAGE_SIZE 和 UNIV_PAGE_SIZE_SHIFT 。在版本 <= 3.23.39a 的 InnoDB中，最大记录行长度为比数据库页面长度的一半稍小点。从源释放版本 3.23.39b (但是在
MySQL -Max 3.23.40 二进制释放版本中仍然没有)开始， BLOB 和 TEXT 字段允许 < 4 GB，整个行长度同样 < 4 GB。InnoDB 不在分开的页面中存储尺寸 <= 128 bytes 的字段。在 InnoDB 通过将长字段存储在分开的页面上修改记录后，剩余的记录行长度必须小于数据库页面的一半。最大键长为 500 bytes。
日志文件的总尺寸必须 < 4 GB。
最大表空间尺寸为数据库页面的 4 十亿(billion)倍。这同样也是一个表的最大尺寸。最小表空间为 10 MB。