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上海第二医科大学附属瑞金医院：拥有床位1380，实际1700。职工3000多人，其中科研人员800余人。研究生（博士硕士）200多。该医院科室齐 全，实力雄厚。有院士三人均为血液专业【王振义，陈竺，陈赛娟】。我个人认为在上海综合性医院里综合实力最强，其中血液，内分泌，微创，普外，消化尤为突 出。这个医院硕导或博导带研究生的话一般均有课题，所以这个医院的研究生绝大部分为科研型。2002，SCI全国医院排名第二仅次于解放军总医院。由此可 见，该院论文数虽不算排名很前但是高质量的论文很多。2003年，教育部七年制教学评估对该院的临床教学检查认为：该院临床教学实力雄厚，名不虚传（传说 二医的临床强，而上医的基础强）。目前，由于第二医科大学硕士扩招导致该院研究生人数上升，质量下降，就业形式也大不如从前，但是临床型研究生的招生人数 大大增加了。该院研究生毕业留下来的可能性很小，一般留人以留该院7年制学生为主。尽管如此，该院的研究生教育水平在全国还是很靠前的，且能感受一下瑞金 的医院文化氛围。该院每月补贴研究生津贴为：硕士350博士400。
复旦大学附属中山医院：拥有1080，实际不知。该院的心外和肝癌（基础）实 力十分强大。实力雄厚。但是我个人认为它的综合实力相对差些因为该院肿瘤，儿科，妇科，耳鼻候，眼科等科室均被分离出去了成立了各自的单科医院。它的综合 实力甚至不及长海医院。据说该院临床型研究生每月的津贴十分可观。该院研究生以临床型为主，具体原因不知。在该院读研到是不用担心生活费。
第二军医大学附属长海医院：该院是军队系统具体情况不是很清楚，但是综合实力在上海可位于三甲以内。
复旦大学附属华山医院：该院最强的三个科室号称三驾马车（神经，皮肤，传染），综合实力较差。据说该院皮肤科的进修医生一年都可以捞几万回家，据说该院是上海三甲医院里职工奖金最高的医院之一，去该院工作不错。
上 海第二医科大学附属仁济医院：该院在老一辈上海人中被称为三院具体原因不知。该院以消化内科的江绍基院士（已故），他的弟子箫树东目前为全国消化内科主任 委员。男性科也是该院的强项。仁济医院在十年前其实力在上海第二医科大学附属医院里面坐头把座椅，但是目前已被瑞金医院远远超过，但是瘦死的骆驼比马大， 仁济医院也有比较强大的科研，其中近年来风湿科在全国首屈一指，据说连协和的风湿也不如它，不知是不是夸张，但是根据上海、北京医学分属南北二个学派，说 仁济风湿是南派的领袖应该不为过。仁济医院将会搬迁至浦东，老地址发展空间有限，搬迁后应该会有所发展。
上海第二医科大学附属新华医院：号称全上海门急诊量第一（每年200多万），该院的儿科出色，尤其是它的附属单位上海国际儿童医学中心对小儿先心病的手术治疗全国第一。
上海市第一人民医院：原属上海医科大学附属医院，现为上海交大附属医院。该院在移植方面较为突出，其肾脏、肝脏、以及心脏搭桥方面实力不俗。但是做为附属医院其教学、科研能力还有待完善。
上海市第六人民医院：现为上海交大附属医院，同时也是上海第二医科大学教学医院。该院以骨科、超声科及糖尿病为强项。该院有一名院士为糖尿病方面（项三坤）。
上海第二医科大学附属第九人民医院：该院以口腔、颌面外科整形著名。该院也有三名院士【张绦生、邱蔚六、戴克戎】。该院整形外科全国闻名，目前在生物工程方面也独占鳌头，该院曹宜林在全国第一个在小白鼠身上长出人形耳廓。
排名如下：
1。瑞金医院
2。中山医院
3。长海医院
4。仁济医院
5。华山医院
6。上海市第一人民医院
7。上海市第六人民医院
8。新华医院
9。长征医院
10。上海市第九人民医院