哈哈！这个问题在我们公司也发生过。经过几天研究终于搞定。
c3p0的connection实现类和我们想象中有出入，最大的出入就是c3p0的connection实现类的close方法不是真的将该链接释放掉，而是将这个链接回收到可用连接池中。于是问题就来了。
c3p0的有一个maxConnection的参数，即最多链接数。还有一个genratNum，即当链接不够用的时候自动每次生成链接的个数。假如将最大连接数设定为50，每次增长数设定为10，初始值为10。假如当前总共产生的链接数已经有49个，但是这49个链接不是可用连接数，那么c3p0就会增长10个。这样一共就产生了59个。
假如你设定最大空闲时间又过长，如一个月，那么就是被close的链接，也不会被释放掉，一直保留链接池中。
所以很快c3p0就将数据库的链接用完。
解决办法是：
1. 在代码中当创建了一个connection（或者从池中取），必须在要在合适的时机将该链接close掉。
2. 合理配置最大连接数，最大空闲时间，每次增长数
3. 可以通过实行ConnectionCustomer接口，来显式的对链接进行关闭，释放资源的操作。
4. 第一点是最重要的，后两点是辅助的。
转自：http://www.oschina.net/question/242388_40477