我出现这种错误是由于开始用netbeans建立某工程，但是删去了这个工程整个文件夹，导致启动找不到工程目录。
在用户目录下（我的是C:\Documents and Settings\LuckyStar）有个.netbeans的文件夹，里面有配置文件，使用windows的文件搜索，文件包含文字那一栏（注意不是文件名哦）输入工程名，开始查找，找出来的文件都删掉（除了日志文件也就是.log）。就行了。
我找出来的是
C:\Documents and Settings\LuckyStar\.netbeans\5.0\config\J2EE\TargetModules\tomcat55_home__b-1629687096\home__bundled_ho-1459906850目录下
删除工程名无扩展名文件
C:\Documents and Settings\LuckyStar\.netbeans\5.0\jakarta-tomcat-5.5.9_base\conf\Catalina\localhost目录下
删除ROOT.xml
然后重新启动一下捆绑tomcat就可以看见没有错误了
当然还有一种更为简单而且正确的方法就是在运行环境窗口下的服务器－捆绑tomcat－web应用程序下右键点击那个已被删去的工程选择卸下，再重启tomcat就行了，可是有时发生意外就只能用上述的手动方法了，呵呵。
另：netbeans5.0好像如果开着但是好久不用，开启一些别的程序，再切换到它时，系统资源就占用很大，运行缓慢，硬盘也嘎嘎响，其它IDE就好些，不知怎么回事。