下面摘自
http://xiushen.com/blog/read.php/114.htm ，说明了BOM的存在对PHP脚本的影响
如果您在修改任何PHP文件后发生：
* 不能登入或者不能登出；
* 页顶出现一条空白；
* 页顶出现错误警告；
* 其它不正常的情况。
则多半是编辑器的问题。
本程序采用UTF-8编码。现在几乎所有的文本编辑软件都可以显示并编辑UTF-8编码的文件。但是很遗憾，其中很多软件的表现并不理想。
类似WINDOWS自带的记事本等软件，在保存一个以UTF-8编码的文件时，会在文件开始的地方插入三个不可见的字符（0xEF 0xBB 0xBF，即BOM）。它是一串隐藏的字符，用于让记事本等编辑器识别这个文件是否以UTF-8编码。对于一般的文件，这样并不会产生什么麻烦。但对于 PHP来说，BOM是个大麻烦。
PHP并不会忽略BOM，所以在读取、包含或者引用这些文件时，会把BOM作为该文件开头正文的一部分。根据嵌入式语言的特点，这串字符将被直接执行（显示）出来。由此造成即使页面的 top padding 设置为0，也无法让整个网页紧贴浏览器顶部，因为在html一开头有这3个字符呢！
最大的麻烦还不是这个。受COOKIE送出机制的限制，在这些文件开头已经有BOM的文件中，COOKIE无法送出（因为在COOKIE送出前PHP已经送出了文件头），所以登入和登出功能失效。一切依赖COOKIE、SESSION实现的功能全部无效。
因此，在编辑、更改任何文本文件时，请务必使用不会乱加BOM的编辑器。Linux下的编辑器应该都没有这个问题。WINDOWS下，请勿使用记事本等编辑器。推荐的编辑器是： Editplus 2.12版本以上； EmEditor； UltraEdit（需要取消‘添加BOM’的相关选项）； Dreamweaver（需要取消‘添加BOM’的相关选项）等。
对于已经添加了BOM的文件，要取消的话，可以用以上编辑器另存一次。（Editplus需要先另存为gb，再另存为UTF-8。）
下面一段摘自
http://forums.mozine.org/index.php?showtopic=556 ，说明了BOM对 mozilla 插件制作过程中对BOM的要求：
选择编辑器
要编辑中文语言档案，你必需要有合适的编辑器。Mozilla 有些特定的文件格式要求，所以你的编辑器最少要有以下的功能：
1. 支援 UTF-8
文字档型
2. 可选择文件是否要有万国码档案
签名 BOM (Byte Order Mark, U+FEFF)
3. 支援逸出万国码 (escaped Unicode，\uXXXX) 的文字编码
可惜的是在 Windows 2000 与 XP 上的 Notepad 没有第二项的支持，所以你必须用其它的编辑器。以下是一些建议：
1. UniRed : freeware，很好用
2. SC UniPad: 测试版有字元数限制，正式版
太贵了，功能好但可能不适用。
这些程序的使用请参见 Mozilla 地方化的工具。
2. .dtd 文件是 UTF-8 格式，注意 .dtd 文件不得有 BOM 开头字元
总结：自由软件领域，好像对BOM都非常不适应，而svn的作者可能是觉得没必要
处理BOM也可以正确处理UTF-8文档，所以就这么干了。只是比较郁闷的是，我无法使用我最爱的编辑器了：记事本